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人体健康由遗传因素与环境因素共同决定。前者体现在个体基因组，可通过基因组技术测量；后者体现在个体微生物组，需要通过宏基因组技术测量。绝大多数环境因素，正是通过栖息在人体内外表面的微生物组对人体施加影响。

新陈代谢——人体与外界交换能量和物质的过程——被共生微生物组所携带的上百万个功能基因持续调控。共生微生物组的多样性远高于个体基因组，对维持人体稳态至关重要。它被称为“人体的第二基因组”，并与肥胖、II 型糖尿病、肝硬化、炎症性肠病、心境障碍和自身免疫性疾病等多种慢性系统性疾病相关。